Die vielfältige Naturraumausstattung des Forstamtsbereiches  dokumentiert sich in 15 Naturschutzgebieten mit 1140 ha Fläche, die z.T. wie das „Moor bei Wehrda“ von herausragender und überregionaler Bedeutung sind. Alle diese vorgenannten Flächen sind zum großen Teil „überlagert“ vom großflächigen Biosphärenreservat Rhön und den nach EU-Vorgaben ausgewiesenen Natura - 2000 Flächen.Das führt dazu, dass mittlerweile nahezu 80 Prozent der Staatswaldfläche durch eine Schutz- oder Erholungsfunktion beansprucht werden, die Bewirtschaftung des Waldes folglich auch diese Vorgaben berücksichtigt. Die von uns praktizierte naturgemäße Waldwirtschaft bildet die Grundlage eines umfassenden Biotop- und Artenschutzes.

Das Forstamt tritt nicht nur als Flächeneigentümer, sondern auch als Partner der Naturschutzverwaltung und Naturschutzverbände in Erscheinung: es sorgt für die Pflege und Unterhaltung der Naturschutzgebiete und ist für deren überwachung zuständig. Neben diesen „amtlich“ ausgewiesenen Schutzgebieten pflegt das Forstamt landeseigene Biotope ( Altholzinseln, naturnahe Waldbestände, Feuchtbiotope, Nasswiesen, etc. ) und verbessert kontinuierlich die Naturraumausstattung, z. B. durch: Umwandlung biotopfremder Bestockungen in naturnahe Bestockungen (z.B. Entnahme von Fichten aus Bach- und Wiesentälern), Förderung seltener Bäume und Sträucher (Waldrand), Belassen von Totholz und Spechtbäumen im Wald und die Anlage von Amphibientümpeln. Allein in den letzten 10 Jahren hat das Forstamt für rd. 100.000,- € Feuchtgebiete neu geschaffen bzw. renaturiert. Außerhalb des Waldes ist das Forstamt im Sinne einer Vernetzung mit den angrenzenden Wäldern an der Entwicklung der weiträumigen Flußauen in den Tälern der Aula, Fulda, Haune, Jossa, Nüst und Schlitz sowie den  angrenzenden Waldwiesentälern aktiv. Neben der Einrichtung eines Naturschutzgebietes in der Auelandschaft wurden erste Auewälder neu begründet und alte Flutrinnen wieder aktiviert.

Einen weiteren Schwerpunkt der Entwicklungsarbeit bilden die ebenfalls in enger Vernetzung mit den Wäldern stehenden Weide- und Wiesenlandschaften im Mittelgebirgsraum, insbesondere in den Ausläufern der Rhön.

Erfolge zeigen sich in der Vogelwelt durch erste Brutnachweise von Weiß- und Schwarzstorch, Wanderfalke und den an die weitläufigen Auen angepassten Sumpf- und Wiesenvogelarten. Floristische Besonderheiten sind in den Feuchtwiesen der Auen, den Moorbereichen des NSG „Moor bei Wehrda“ und in den orchideenreichen Mittelgebirgsweiden und Laubwäldern im Forstamtsbereich zu finden.