Alle Waldflächen werden nachhaltig und naturnah bewirtschaftet. Naturschutz im Wald bedeutet die Erhaltung wichtiger Lebensräume mit den entsprechenden Tier- und Pflanzenarten. Es gibt einige rechtlich geschützte Flächen ( NSG, ND,...) im Wald. Außerdem werden Fließgewässer, Waldränder und andere wichtige Lebensräume im Zuge von Pflegemaßnahmen besonders behandelt.

Im Forstamt Diemelstadt sind 18 Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von etwas über 530 ha zu betreuen. Die Pflegepläne werden von einem Funktionsbeamten erstellt, der auch die Umsetzung der geplanten Maßnahmen koordiniert.

Es gibt einige alte Buchen, die im Rahmen des Vertragsnaturschutzes dem Waldeigentümer Ende der 1980er Jahre abgekauft wurden und nicht aus dem Wald entfernt werden dürfen.
Drei größere Waldgebiete wurden zur Umsetzung der FFH - Richtlinien gemeldet, in allen gemeldeten Gebieten laufen zur Zeit Grunddatenerhebungen (GDE). Aus den fertigen GDE werden anschließend Maßnahmenpläne zum Erhalt bzw. der Verbesserung der Artenvielfalt der entsprechenden Gebiete entwickelt.

Name des NSG	Fläche (ha)	FFH
Büchenberg/Platzberg	42,10	X
Eilsbusch bei Wethen	3,14	X
Iberg bei Hörle	30,10
Stadtbruch in Volkmarsen	27,80
Scheid bei Volkmarsen	88,60	X
Wattertal	10,10
Twistevorstau	24,50
Buchenlied	23,90
Mühlenberg	33,20
Diemelsee	18,70
Osterkopf bei Usseln	30,00	X
Kahler Pön	38,30	X
Alter Hagen	143,60	X
Grebensteine	15,70	X
Jägers Weinberg	22,30	X
Hagenfeld bei Meineringhausen	4,60
Schanzenberg bei Korbach	7,10	X
Grotenberg	19,6