Eine der Schwerpunktaufgaben des Forstamtes liegt im naturschutzfachlichen Bereich. Die Region zeichnet sich durch eine ausgesprochen vielgestaltige Landschaft aus. Sie wird geprägt durch abwechslungsreiche Biotopkomplexe aus Wald- und Grünlandgesellschaften auf unterschiedlichsten Standorten. Von den Überschwemmungsgebieten des Rheins mit rezenten Auenwäldern, großflächigen Feuchtgebieten mit Sumpf- und Erlenbruchwaldgesellschaften bis hin zu extrem trockenen Dünenstandorten mit ihren Trockenrasengesellschaften und Sandkiefernwäldern kommen nahezu alle Ausprägungen vor. Der Nährstoffgehalt der Standorte erweist sich ebenfalls als äußerst variabel. Die Standortpalette reicht von eutrophen, karbonathaltigen, tiefgründigen Auelehmböden bis hin zu ausgesprochen nährstoffarmen Flugsandsböden.

Diese auf engem Raum sehr hohe Vielgestaltigkeit der Standorte ruft in einem klimatisch besonders begünstigten Raum einen sehr großen Formenreichtum mit einem bemerkenswert hohen Anteil äußerst seltener Arten hervor. Die Naturausstattung ist daher durch eine ausgesprochen hohe Schutzwürdigkeit gekennzeichnet. Insofern erweist sich das Forstamt Groß-Gerau als eines der naturschutzfachlich bedeutungsvollsten Forstämter in Hessen. Hieraus erwächst eine besondere Verantwortung für künftige Generationen.

39 Naturschutzgebiete mit einer Fläche von annähernd 5.000 ha werden nach fachlich abgestimmten Leitlinien gepflegt. Hierzu gehören u. a. die beiden größten und naturschutzfachlich bedeutendsten Naturschutzgebiete Hessens "Kühkopf-Knoblochsaue“ und "Mönchbruch“ sowie die im Stadtbereich Frankfurt gelegenen Naturschutzgebiete mit all den sich schon aus ihrer Lage ergebenden Problemen. Diese verdeutlicht gleichermaßen die hohe Schutzbedürftigkeit der Gebiete.

Eine wesentliche Aufgabe des Forstamtes besteht deshalb nicht nur im Schutz und der Pflege der Naturschutzgebiete sondern auch in deren angemessenen und vertretbaren Öffnung im Hinblick auf die erlebnisorientierten Freizeitansprüche der Bevölkerung. Naturschutz wird nur dann akzeptiert, wenn er sich nicht als Selbstzweck versteht, sondern die grundlegenden Bedürfnisse der Bevölkerung mit berücksichtigt. Dieser auf den jeweiligen Schutzzweck abgestimmte integrative Ansatz ist deshalb nicht weniger wichtig als die eigentliche Pflege der Gebiete. Insofern ist eine enge Zusammenarbeit mit den Unteren Naturschutzbehörden der Landkreise Groß-Gerau und des Main-Taunus-Kreises sowie der Städte Frankfurt und Rüsselsheim unabdingbar. Hinzu kommt die Notwendigkeit eines kommunikativen Austausches mit den örtlichen Verbänden, Gebietsbetreuern und auch mit der vor Ort wohnenden Bevölkerung.

Neben den Kategorien des nationalen Naturschutzes wirken sich die Normen des Europarechtes immer stärker auf die naturschutzfachliche Arbeit des Forstamtes aus. So ist das Forstamt für die Betreuung von 21 FFH-Gebieten mit einer Fläche von 8.197 ha zuständig. Darüber hinaus liegen 8 Europäische Vogelschutzgebiete mit einer Fläche von 17.856 ha im Forstamt. Summarisch ergibt dies eine aus naturschutzfachlicher Sicht besonders bedeutungsvolle Fläche von 30.705 ha. Unter Berücksichtigung der z. T. mehrfachen Überlagerung beträgt die vom Forstamt naturschutzfachlich zu betreuende Fläche 18.000 ha. Diese übertrifft die Größe der vom Forstamt bewirtschaftete Waldfläche und unterstreicht den Stellenwert des Naturschutzes im Aufgabenbereich des Forstamtes.