Biotop- und Artenschutz erfolgen im wesentlichen durch Renaturierung von Wald-Wiesen-Tälern, ausgewiesene Altholzinseln und zahlreich angelegte Feuchtbiotope. Die Betreuung von Streuobstwiesen und die Pflege von Sonderstandorten gehören genauso dazu wie ein umfassendes Totholzprogramm. Als Besonderheit hat das Forstamt ab 1998 bis heute  über 350 Versickerungsmulden zur Anreicherung des Grundwassers und der Milderung von Hochwasser angelegt. Alle Forstbetriebe innerhalb des Zuständigkeitsbereiches des Forstamtes Melsungen arbeiten nach den Grundsätzen eines naturnahen Waldbaus. Etwa 90% der Waldflächen des Forstamtes sind daher bereits nach PEFC zertifiziert.

Die Melsunger Naturschutzgebiete

Im Forstamt Melsungen gibt es 9 Naturschutzgebiete . Die Pflege dieser Gebiete gemäß Pflegeplan wird durch die zuständigen Revierleiter  in Zusammenarbeit  mit Unternehmern oder eigenem Personal durchgeführt.

In der Aue bei Malsfeld

Goldbergsee

Alte Kartause bei Gensungen

Reiherteiche bei Böddiger

Kiesteiche Altenburg bei Felsberg

Wacholderheide bei Vockerode/Dinkelsbühl

Fuldatal bei Konnefeld

Vollmarshäuser Teiche

Heubruchswiesen