Das Forstamt betreut im Auftrag der oberen Naturschutzbehörde 16 Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von rd. 500 ha sowie die Landschaftsschutzgebiete Fuldaaue und Seulingswald. Herauszuheben ist das Naturschutzgebiet Rhäden bei Obersuhl und Bosserode. Es handelt sich um ein Feuchtgebiet mit offenen Wasserflächen, Röhrichten, Großseggenriedern, Weidengebüschen, Feuchtbrachen, landw. genutztem Grünland und forstwirtschaftlich genutzten Flächen. Das Gebiet hat bundesweit Bedeutung. Aus ornithologischer Sicht handelt es sich um ein wertvolles Gebiet als Trittstein für Zugvögel, insbesondere von Limikolen und Entenvögeln. Hessenweit ist das Gebiet ein bedeutender Kranich-Rastplatz. Im Gebiet brütet seit 2007 wieder ein Weißstorchpärchen.

Alle Forstbetriebe, die durch das Forstamt Rotenburg betreut werden, werden nach den Regeln der "Naturgemäßen Waldwirtschaft" bewirtschaftet und sind nach PEFC zertifiziert. Natur- und Landschaftsschutz haben dadurch einen hohen Stellenwert bei der Waldbewirtschaftung. Beispiele dafür sind die Pflege von Waldaußen und -innenrändern, die Unterhaltung von zahlreichen Waldwiesen, das Belassen von Totholz in den Beständen, die Pflege und Unterhaltung der zahlreichen Feuchtbiotope und die Förderung seltener Baumarten wie zum Beispiel der Elsbeere auf Sonderstandorten des Zechsteinkalkes. Auch die Renaturierung der Fließgewässer liegt uns am Herzen. So werden bei Waldpflegemaßnahmen die Uferbereiche von Nadelholz freigestellt, so dass sich auch dort ein natürlicher Bachlauf entwickeln kann.

Geprägt wird das Forstamt durch seine ausgedehnten Hainsimsen Buchenwälder, die auf den Böden des Buntsandsteines stocken. Zwei Waldgebiete (Wald westlich von Lüdersdorf u. Flächen im Säulingswald) wurden als FFH-Gebiete (Hainsimsen-Buchenwald) ausgewiesen. Des Weiteren befinden sich im Fortamtsbereich die Naturwaldreservate Schlossberg im Wildecker Tal und Goldbach/Ziebachsrück im Seulingswald. Der Hainsimsen-Buchenwald ist artenarm. Nur wenige Pflanzen wie Hainsimse, Draht-Schmiele oder Ehrenpreis wachsen darauf. Artenreicher sind die Wälder in den Flussauen und auf dem Zechsteinkalk. Hier sind zahlreiche Orchideenarten und seltene Baumarten wie die Elsbeere anzutreffen.

Bedingt durch viele alte Buchenbestände und der Anreicherung von Totholz in den Beständen sind viele Tierarten wie der Hirschkäfer und der Schwarzspecht wieder in unseren Wäldern heimisch. Auch Uhu und Wanderfalke brüten wieder regelmäßig im Forstamtsbereich. Der Schwarzstorch, der im benachbarten Forstamt brütet, ist häufig bei der Nahrungsaufnahme zu sehen. Die Wildkatze streift wieder regelmäßig durch die Wälder des Forstamtes Rotenburg.

Durch die Renaturierung der Fließgewässer wurde die Qualität der Gewässer soweit verbessert, dass der vom Aussterben bedrohte Flusskrebs (Astacus astacus L.) im Rahmen eines Artenschutzprogramms des Forstamtes wieder angesiedelt werden konnte. Auch weiterhin werden in ausgesuchten Teichen Flusskrebse angezüchtet und in geeigneten Gewässern auch außerhalb der Kreisgrenze des Landkreises Hersfeld/Rotenburg durch Behörden und Verbände eingesetzt. Wer Interesse an der Wiedereinbürgerung des Flusskrebses hat, kann sich gerne an das Forstamt wenden.