Die Waldflächen im Zuständigkeitsbereich des Forstamtes Weilmünster werden nach den Grundsätzen des naturnahen Waldbaues bewirtschaftet.
Die Waldfläche aller Besitzarten sind zertifiziert nach PEFC.
Insgesamt betreut das Forstamt 19 Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von rd. 300 ha.
Der Basalt- und Tonabbau mit seinen Folgeerscheinungen (Steilwände, oberflächliche Grundwasseransammlungen), kulturhistorisch entstandene Magerrasenflächen und die ufernahen Bereiche entlang der Lahn mit ihren Seitentälern sind besondere Refugien für viele seltene Tier- und Pflanzenarten. Eine großräumige Unterschutzstellung dieser Bereiche ist nach den EU-Richtlinien für FFH-Gebiete vorgesehen.
Im Forstamt Weilmünster wird Naturschutz jedoch nicht nur per Gesetz und Verordnung in geschützten Gebieten betrieben. Im Rahmen der Zertifizierung nach PEFC werden die Waldbestände auf der Grundlage des naturgemäßen Waldbaus bewirtschaftet. Wertvolle und bedeutsame Lebensräume werden gezielt gefördert und erhalten. So wird zusätzlich ein wesentlicher Beitrag zur Förderung der ökologie und der Umweltvorsorge geleistet.