Das Forstamt Wetzlar betreut 18 Naturschutzgebiete mit einer Schutzgebietsfläche von insgesamt 544 ha. Hiervon liegen 301 ha Naturschutzgebietsfläche im Verdichtungsraum Wetzlar mit einem zum Teil hohem Erholungsdruck. Der Besucherlenkung durch die Naturschutzwacht auf den Schutzgebietsflächen kommt daher im Forstamtsbereich eine besondere Bedeutung zu. Die Naturschutzgebiete "Aartalvorsperre" in der Gemeinde Hohenahr sowie das Naturschutzgebiet "Lahnaue zwischen Atzbach, Dutenhofen und Heuchelheim" im Stadtbereich von Wetzlar und in den Gemeinden Lahnau und Heuchelheim sind durch ihre großen Wasserflächen und Überschwemmungsbereiche ornithologisch von überregionaler Bedeutung. Bedingt durch einen hohen Anteil an FFH- und Vogelschutzgebieten ist die Regionalbetreuung Natura 2000 für den westlichen Bereich des Regierungspräsidiums Gießen beim Forstamt Wetzlar angesiedelt.
Der gesamte Staatswald und fast alle betreuten kommunalen Waldbesitzer haben sich der Zertifizierung durch PEFC unterzogen und stellen sich damit den hohen Anforderungen in Bezug auf einen besonders schonenden Umgang mit dem Ökosystem Wald.